經常做分子(zǐ)實驗的(de)同學都知道(dào)，核酸染料可以(yǐ)和(hé / huò)核酸分子(zǐ)（DNA、RNA，本文以(yǐ)DNA爲(wéi / wèi)例）相結合，在(zài)激發光的(de)照射下發出(chū)熒光。核酸電泳就(jiù)是(shì)利用這(zhè)個(gè)原理通過核酸染料來(lái)指示DNA片段的(de)大(dà)小和(hé / huò)大(dà)緻的(de)濃度。
不(bù)同的(de)核酸染料的(de)分子(zǐ)結構不(bù)同，與DNA結合的(de)方式也(yě)不(bù)同，如果在(zài)電泳前結合的(de)話會對電泳産生不(bù)同程度的(de)影響。這(zhè)一(yī / yì ／yí)期，小編就(jiù)爲(wéi / wèi)大(dà)家厘清不(bù)同染料之(zhī)間的(de)區别。
下圖是(shì)東盛生物的(de)Marker1用兩種不(bù)同的(de)染料染色後（膠染法，即制膠時(shí)加入染料，預染法的(de)一(yī / yì ／yí)種）的(de)電泳圖
從上(shàng)圖可以(yǐ)看出(chū)染料的(de)用量和(hé / huò)染料的(de)種類都會影響DNA條帶的(de)形狀和(hé / huò)分離情況。
關于(yú)核酸染料對電泳的(de)影響已經引起了(le／liǎo)很多科研人(rén)員的(de)重視，如2018年的(de)一(yī / yì ／yí)篇文章《核酸染料GeneGreen可影響DNA瓊脂糖凝膠電泳條帶的(de)質量》闡述了(le／liǎo)一(yī / yì ／yí)種新型核酸染料對DNA電泳的(de)影響遠大(dà)于(yú)傳統核酸染料溴化乙錠（EB）。
該文主要(yào / yāo)驗證了(le／liǎo)膠染法和(hé / huò)後染法（電泳後置于(yú)染液中染色）對DNA條帶的(de)不(bù)同影響，主要(yào / yāo)實驗内容如下：
結果：在(zài)含１×ＧｅｎｅＧｒｅｅｎ的(de)瓊脂糖凝膠中，３種ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ的(de)較大(dà)條帶均不(bù)單一(yī / yì ／yí)，呈“拖尾”現象；而(ér)最小的(de)Ｍａｒｋｅｒ條帶單一(yī / yì ／yí)，無扭曲和(hé / huò)拖尾”（圖１Ａ）。在(zài)含１×溴化乙錠的(de)瓊脂糖凝膠中，３種ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ的(de)條帶均呈現單一(yī / yì ／yí)的(de)條帶（圖１Ｂ）。
結果：在(zài)含２×ＧｅｎｅＧｒｅｅｎ的(de)瓊脂糖凝膠中，３種ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ較大(dà)相對分子(zǐ)質量的(de)條帶均不(bù)單一(yī / yì ／yí)，而(ér)較小相對分子(zǐ)質量的(de)條帶無扭曲和(hé / huò)“拖尾”，但總體質量較１×核酸染料的(de)凝膠好；而(ér)在(zài)２×溴化乙錠的(de)瓊脂糖凝膠中，３種ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ的(de)條帶均呈現單一(yī / yì ／yí)的(de)條帶，與１×溴化乙錠的(de)瓊脂糖凝膠中的(de)條帶質量無明顯差異（圖２）。
結果：采用核酸電泳後瓊脂糖凝膠染色的(de)方式，１×ＧｅｎｅＧｒｅｅｎ（圖３Ａ）和(hé / huò)１×溴化乙錠（圖３Ｂ）兩種核酸染料的(de)瓊脂糖凝膠中均可以(yǐ)見條帶單一(yī / yì ／yí)、無扭曲的(de)ＤＮＡ條帶。（圖中後染法的(de)染色效果不(bù)太好，但其實後染法也(yě)可以(yǐ)把條帶染得很清晰。）
除了(le／liǎo)GeneGreen外，其他(tā)新型核酸染料如GelRed、GelGreen、以(yǐ)及SYBR系列等染料均會影響DNA的(de)遷移。
原因在(zài)于(yú)核酸染料通過靜電作用結合DNA後改變了(le／liǎo)DNA的(de)空間結構，DNA攜帶的(de)負電荷減少，分子(zǐ)量增大(dà)，使DNA分子(zǐ)在(zài)瓊脂糖凝膠中的(de)相互作用力發生了(le／liǎo)改變。其運動特點就(jiù)與未結合染料的(de)DNA分子(zǐ)不(bù)同了(le／liǎo)。
EB結合DNA的(de)方式是(shì)直接嵌入堿基對之(zhī)間，對DNA的(de)空間結構影響不(bù)大(dà)，因此對DNA的(de)遷移影響也(yě)不(bù)大(dà)。
出(chū)于(yú)安全考慮，新型核酸染料的(de)分子(zǐ)結構都大(dà)于(yú)EB，以(yǐ)使其不(bù)能穿透細胞膜進入人(rén)體細胞。
這(zhè)些新型染料與較短ＤＮＡ分子(zǐ)結合後，電泳過程中不(bù)會出(chū)現ＤＮＡ條帶扭曲或“拖尾”現象；而(ér)在(zài)與較長ＤＮＡ分子(zǐ)結合後，能夠影響ＤＮＡ條帶的(de)形态。
現在(zài)我們明白了(le／liǎo)染料對核酸電泳的(de)影響，關于(yú)怎樣避免新型染料的(de)這(zhè)種幹擾，有以(yǐ)下建議：
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采用後染法進行染色
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選擇質量好、幹擾小的(de)核酸染料
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選用與染料配套的(de)DNA Marker
由于(yú)不(bù)同廠家的(de)DNA Marker生産工藝不(bù)同，與不(bù)同核酸染料的(de)搭配效果也(yě)可能不(bù)同。在(zài)使用東盛DNA Marker時(shí)如果出(chū)現了(le／liǎo)條帶異常的(de)現象，請及時(shí)向我們反饋。技術支持郵箱technique@dongshengbio.com。
大(dà)家使用預染法時(shí)，可依據染料類型選購東盛生物經典DNA Marker或LD系列DNA Marker。
如使用東盛生物DSRed或其他(tā)新型無毒核酸染料，請搭配LD DNA Marker;
如使用EB或Goldview類核酸染料，請搭配經典DNA Marker。
特别提醒，市場上(shàng)核酸染料名稱繁雜，質量參差不(bù)齊，不(bù)能強求所有染料染色的(de)Marker都有良好效果哦~